螺桿式冷水機冷凝器極易結垢，由于水的泥土、泥沙、腐殖物形成污垢，加上細菌、藻類等微生物及其分泌物形成的生物粘泥，會附著在冷凝器換熱管壁上形成泥垢，嚴重時造成管路堵塞；而污垢、粘泥會影響熱交換效率，多耗電能，造成螺桿式冷水機組高壓運行，嚴重時造成螺桿式冷水機組超壓停機。所有這些嚴重地影響了螺桿式冷水機冷凝器的正常運行。
螺桿式冷水機冷凝器清洗分為物理清洗和化學清洗，物理清洗一般用高壓水射流將冷凝器銅管的泥垢清理出來；如果結垢為硬質水垢，應進行化學清洗，物理方式無法將水垢除去。為了使冷凝器在優化狀態下運行，就必須對冷凝器進行專門的化學藥物處理，清除水垢、銹蝕、粘泥、殺菌和防腐蝕處理，還原成清潔的金屬表面。
螺桿式冷水機清洗步驟：
1、將螺桿式冷水機冷卻水進出冷凝器的閥門關緊，利用溫度計管、壓力表管或排污管連接防腐泵、配液箱做成小循環系統，循環清洗。
2、先加入酸洗緩蝕劑，此藥劑為銅緩蝕劑，它附著在冷凝器金屬內壁上，防止酸和金屬發生反應。
3、加入固體酸洗清洗劑，用于清洗碳酸鈣垢為主要成份的水垢，清洗劑是復合固體有機酸，白色晶體，對金屬的無腐蝕性，為弱酸；清洗劑用量按設備結垢量而定。
4、加入泥垢剝離劑（可選），如果冷凝器設備結垢較厚時，需要添加泥垢剝離劑，促進水垢反應后的生成物快速溶于水，加快深層水垢反應。
5、加入中和鈍化劑，在冷凝器進行化學清洗后，中化殘酸，防止金屬表面氧化而生成二次浮銹。
